Tháng 02/2002, Trung tâm bồi dưỡng cán bộ Thuế (tiền thân của Trường Nghiệp vụ Thuế) được thành lập theo Quyết định số 36/2002/QĐ-BTC ngày 20/03/2002 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Tháng 06/2007, Trung tâm bồi dưỡng cán bộ Thuế được tổ chức thành Trường Nghiệp vụ Thuế theo Quyết định số 2092/QĐ-BTC ngày 15/06/2007 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Hiện nay, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trường Nghiệp vụ Thuế được quy định tại Quyết định số 2157/QĐ-BTC ngày 15/11/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Theo đó, Trường Nghiệp vụ Thuế là đơn vị thuộc Tổng cục thuế, Bộ Tài chính, có trụ sở tại Hà Nội và 01 Phân hiệu tại Thừa Thiên - Huế. Trường Nghiệp vụ Thuế có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật.

Từ khi thành lập vào năm 2002 đến nay, Trường chủ yếu tập trung thực hiện nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng công chức ngành Thuế theo chương trình, kế hoạch được Tổng cục Thuế giao. Bình quân năm, Trường tổ chức khoảng 45 lớp đến 50 lớp đào tạo, bồi dưỡng cho trên 4.000 lượt học viên góp phần nâng cao trình độ cho cán bộ, công chức, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hoá ngành Thuế.